Pour répondre à tes questions, il faut tout d'abord savoir que les images que l'on voit sur la vidéo ne se pas obtenues à l'aide d'un microscope classique (c'est-à-dire utilisant un système de lentilles) mais d'un microscope à effet tunnel ; une animation dans cet article de wikipédia (http://fr.wikipedia.org/wiki/Effet_tunnel) explique plutôt bien son fonctionnement. Ce n'est donc pas une énorme loupe qui nous donnerait une image très agrandie de la surface (il n'y a pas d' "objectif de la caméra"), mais c'est par la mesure de courants électriques (entre les atomes de la surface et une pointe balayant la surface) que l'on peut connaître la position des atomes sur la surface, et ainsi reproduire une image de cette surface.
   Si l'on ne "voit" pas (l'utilisation de ce verbe est imprécise, puisque aucun instrument optique n'est utilisé...) les atomes constituants l'air, c'est parce que la pointe en question ne les détecte pas : en effet les transferts électroniques se font plus facilement entre métaux (la surface est constituée d'atomes de métal). Quant aux atomes de la surface, si tu regardes bien, on les voit (au tout début, on distingue des cercles autour de l'atome seul...) ; on les voit moins bien car ils sont situées sur un couche inférieure.
   Quant à la question de l'invisibilité des atomes, la question serait plutôt de savoir s'ils sont visibles, puisque à ma connaissance, on n'a jamais vu un atome isolé à l'aide d'un instrument optique...